Euformaticsin virusvariantteja tunnistava ohjelmisto kiinnostaa maailmalla – yritys mukana Amazonin yritysohjelmassa

Euformatics on kehittänyt ohjelmiston koronaviruksen varianttien tunnistamiseen. Ohjelmaa käytetään Synlabin laboratoriossa Sveitsissä ja Euformatics on päässyt mukaan Amazon Web Servicesin Diagnostic Development Initiative-ohjelmaan. Asiasta kirjoitti Helsingin Sanomat heinäkuun lopussa.

Euformaticsin toimitusjohtaja Tommi Kaasalainen kertoo Hoiva&Terveydelle, että ohjelma on herättänyt lisää kiinnostusta ja sitä on esitelty mahdollisille asiakkaille Lähi-Idässä ja Yhdysvalloissa.

Kaasalainen sanoo, että varianttien seurantaohjelma on mielenkiintoinen johdannaistuote yrityksen pääliiketoiminnasta. Yritys on kehittänyt ohjelmia ihmisen genomiikan tutkimiseen viimeiset kymmenen vuotta.

– Ohjelmillamme voidaan tutkia geenimutaatioita harvinaisissa sairauksissa tai syöpätaudeissa. Kaiken tämän pohjalla on ihmisen referenssigenomi, eli potilaan genomia verrataan usean yksilön keinotekoiseen referenssigenomiin, jossa ei ole muutoksia, Kaasalainen sanoo.

Hän kertoo, että virusvariantteja tunnistavassa ohjelmistossa ideana oli, että yrityksen järjestelmässä ihmisen referenssigenomi korvattiin viruksen referenssigenomilla, jolloin ohjelmiston avulla pystytään analysoimaan viruksen genomiikkaa ja sen muutoksia.

Yritys pääsi Amazonin yritysohjelmaan, joka on kaikkiaan yli 20 miljoonan euron rahoitusohjelma yrityksille. Amazon rahoittaa yrityksiä, jotka kehittävät ratkaisuja pandemian aiheuttamiin ongelmiin. Ohjelma alkoi viime vuonna ja jatkuu tämän vuoden loppuun – siihen on mahdollista vieläkin hakea.

– Euformaticsille ohjelma tuo taloudellisen avun lisäksi näkyvyyttä, ja pääsemme julkistamaan ohjelmaa laajemmin, Kaasalainen sanoo.

Virusvariantit löytyvät minuuteissa sekvensoidusta datasta

Ensimmäisenä virusvariantteja tunnistavan ohjelman otti käyttöön Synlabin laboratorio Sveitsissä.

– Ohjelman avulla seurataan virusvariantteja Sveitsissä paikallisten terveysviranomaisten kanssa. Varianttien seuranta kiinnostaa myös kansainvälisesti, sillä WHO seuraa, miten virukset lähtevät leviämään, miten aggressiivisia ne ovat, miten ne muuttuvat ja miten rokotteet tehoavat.

Virusvarianttien tunnistamiseen kehitetty ohjelma sopii niille laboratorioille, jotka tekevät koronan pcr-testausta. Laboratorioissa positiivisista näytteistä osa sekvensoidaan ja katsotaan, mitä variantteja sieltä löytyy.

– Meidän ohjelmistollamme nykyisten, populaatiossa kiertävien virusvarianttien luokittelun lisäksi voidaan tunnistaa uudet variantit sekvensoidusta datasta nopeasti, vain minuuteissa. Ohjelmistoon saadaan myös ominaisuus, että se automaattisesti käynnistää analyysin, kun raakadataa tulee. Näytteitä ei tarvitse lähettää tutkittavaksi eteenpäin, mikä säästää aikaa, Kaasalainen kuvaa.

Pääliiketoiminta genomin tutkimuksessa – mukana tutkimushankkeissa

Euformaticsissa on 12 työntekijää ja liikevaihto oli viime vuonna muutamia satoja tuhansia.

– Alkuvuonna olemme tuplanneet liikevaihtomme, Kaasalainen sanoo.

Yrityksen pääliiketoiminta on jatkossakin ihmisen genomin tutkimisessa. Yritys on mukana useissa EU-rahoitteisissa tutkimushankkeissa kansainvälisten yliopistojen kanssa. Tämä tuo myös kassavirtaa yritykselle.

– Olemme esimerkiksi mukana autismia koskevassa tutkimuksessa. Siinä kerätään tietoa, miten erilaiset geneettiset variantit vaikuttavat autismin kehittymiseen.

kuva: Euformatics

Edellinen artikkeliPlusTerveys laajentaa mielenterveyspalveluitaan Helsingissä, tavoitteena lisätä toimipisteitä Suomessa
Seuraava artikkeliAlustatalouden kehitys haastaa sosiaali- ja terveydenhuollon tulevaisuuden toimintamallit – oletko valmis?